Bellissimo l'apparato ligneo dorato a mo' di Pala d'altare che occupa la parte superiore della parete, che un tempo divideva il Presbiterio dalla sacrestia, a cui si accedeva per mezzo di due porticine.
L'apparato ligneo presenta nella edicola centrale Cristo Crocifisso; in quelle laterali, divise da due colonne, di cui una a spira, a sinistra S.Michele Arcangelo (a cui è dedicata la provincia monastica di Puglia e Molise ) con la lancia e lo scudo (su cui è inciso "Quis ut deus" ossia "Chi come Dio" significato del nome ebraico Mika EL) e a destra l'Angelo custode.
Sull'architrave si aprono altre tre nicchie più piccole; in quella centrale vi è il busto dell'apostolo Giacomo il Maggiore, e nelle due laterali quelli di S. Barbara e Santa Tecla,vergini e martiri; tutti e tre hanno nel petto le proprie reliquie. Questi busti hanno le facce e le mani di color carne e le vesti dorate
In passato ai lati del presbiterio vi erano due nicchie nelle quali erano custodite le statue lignee di San Antonio e della Vergine Immacolata.
Le nicchie sono state riaperte nel Ottobre 2008 e ospitano le statue lignee di San Antonio da Padova(a destra) e di San Francesco di Assisi (a sinistra), mentre la statua della Vergine Immacolata è stata collocata nell'attigua cappella feriale ora denominata Cappella dell'Immacolata.
Sulla parete destra del Presbiterio troviamo la tela di di S.Pietro d'Alcàntara (1499-1562) santo mistico spagnolo francescano, che fondò il Convento di Pedrosa.
A piè della tela è riportata l'epigrafe:
S. PETRUS DE ALCANTARA ORDINIS MINORUM OBSERVANS.
Sempre sul lato destro del Presbiterio ritroviamo, sulla parete di chiusura, un dipinto di S.Bonaventura su una lapide che ricorda la sepoltura di padre Giovanni Grimaldi, datata 1762, fatta fare dal fratello padre Matteo, con il quale aveva restaurato la Chiesa.
La Cupola è affrescata con le immagini di Dio Padre, di Gesù Cristo e della Vergine Maria, i principali episodi della vita di San. Francesco: il perdono di Assisi, il carro di Fuco, l'Angelo mentre consegna la Dalmatica e Cristo in atto di consegna della regola.
Nei quattro lati i principali dottori dell'ordine:
in alto a destra Duns Scoto, dottore sottile, con Angeli ed una scritta "Dignare me" che ricorda le parole della preghiera che questi rivolgeva all'Immacolata
Dignare me, laudare Te, Virgo sacrata; da mihi virtutem contra hostes tuos.
Fammi degno di lodarti, Vergine santissima; dammi forza contro i tuoi nemici
Leggi qui l'articolo sul dogma dell'Immacolata Concezione
a seguire ritroviamo S.Bonaventura, il dottore Serafico, Ruggero Bacone, dottore ammirabile, e Alessandro di Hales, dottore irrefragabile.
In passato dietro l'altare maggiore vi era un coro in noce, di uno stille piuttosto pesante. Così scrive mons. Merra nelle sue Monografie Andriesi:
...."La fascia del cornicione è bellamente rabescata: vi sono ventidue stalli superiori e dodici inferiori. A destra e a sinistra dei bracciuoli dei due primi stalli inferiori sono scolpite a rilievo due statuette, rappresentanti l'una Santo Francesco e l'altra San Ludovico vescovo di Tolosa. Du grandi quadri con cornici dorate, si posano sul cornicione di questo coro: in uno è effigiato artisticamente il Serafino di Assisi, in atteggiamento di ricevere nella mano destra dal Bambin Gesù,seduto sulle materne ginocchia di Maria, le stimmate col chiodo. (Tela attualmente posta sulla parete destra del Cappellone del Santissimo).
Nell'altro quadro è dipinto l'Apostolo delle Indie (di questa tela attualmente non si hanno tracce..) in atto di battezzare una regina Indiana; sotto di esso di legge :
PETRUS FANELLUS ELEMOSINALITER FECIT. 1666
